17 февраля 1934 г. Наркомат снабжения СССР в целях более полного и комплексного изучения рыбного хозяйства Баренцева и Белого морей объединил СНИРО и Северную сельдяную экспедицию и создал на их базе Полярный научно-исследовательский институт морского рыбного хозяйства и океанографии (ПИНРО), причем сельдяная экспедиция вошла в состав института в качестве самостоятельного сектора. Директором ПИНРО был назначен 37-летний ученый Г.И. Хлыновский, а его заместителем по научной работе и начальником сельдяного сектора – профессор М.П. Сомов.
Полярный институт, получив свое название (в 1935 г. институту было присвоено имя Н.М. Книповича в связи с 50‑летием научной и творческой деятельности ученого и в честь признания его заслуг в изучении северных морей) и следуя традициям своих предшественников – Плавморнина и ГОИН, продолжал расширять и углублять исследования северных морей.
Многосторонние и глубокие исследования Плавморнина и ГОИН создали прочную теоретическую базу рыбохозяйственной науки Севера, позволившую к моменту ее очередной реорганизации и создания в 1934 г. ПИНРО решать конкретные вопросы обеспечения развивающегося рыбохозяйственного комплекса. Большая часть научных кадров перешла в новый институт, обеспечив тематическую преемственность: Н.А. Маслов, А.И. Танцюра, Б.П. Мантейфель, В.П. Зенкович, З.А. Филатова, М.М.Адров, П.С.Виноградова, М.П. Сомов и другие были людьми, глубоко преданными науке, энтузиастами морских исследований. Благодаря им ПИНРО унаследовал прекрасные традиции ГОИНовской школы, определившие высокий теоретический уровень рыбохозяйственных исследований на Севере. Впоследствии это позволило ПИНРО занять лидирующее положение в разработке прогностической методологии. В институте была составлена обширная программа изучения биологии основных промысловых рыб и причинных связей отдельных этапов их жизненного цикла с факторами внешней среды применительно к главной задаче – научному обоснованию рационального развития тралового и сельдяного рыболовства.
Своим созданием ПИНРО был обязан необычной ситуации, сложившейся у берегов Мурмана в 30-е годы: масса сельди стала заходить в прибрежные воды и сделалась доступным объектом массового лова. Но сезонность этого промысла не удовлетворяла запросы бурно развивающейся промышленности, и перед работниками Мурманрыбвода и ПИНРО наркомом пищевой промышленности А.И.Микояном в 1935 г. был поставлен вопрос об овладении ловом сельди в открытом море и обеспечении круглогодичного промысла. Решение «сельдяной проблемы» стало главной задачей в первые годы деятельности ПИНРО, отодвинув на второе место разрабатывавшиеся ранее вопросы тралового рыболовства. Такая вынужденная целенаправленность тематики и жесткое требование быстрых результатов стоили жизни первому директору ПИНРО Г.И. Хлыновскому, его заместителю В.В. Заостровскому и многим сотрудникам института.
Через несколько лет напряженного поиска нерестилищ атлантической сельди и уточнения границ ее ареала «сельдяная проблема» была блестяще решена Ю.Ю. Марти, который изучил пути нерестовых миграций и обнаружил местообитание крупной сельди. Это стало основанием для организации послевоенного промысла сельди в Гренландском и Норвежском морях.

