Полярный филиал ФГБНУ «ВНИРО» осуществляет исследования во внутренних водах Российской Федерации, за исключением внутренних морских вод, на территории Мурманской области, Архангельской области, Республики Коми, Ненецкого автономного округа, Республики Карелия (реки бассейна Белого моря), во внутренних морских водах Российской Федерации, в территориальном море Российской Федерации, на континентальном шельфе Российской Федерации, в исключительной экономической зоне Российской Федерации в Баренцевом море, Белом море, Карском море и море Лаптевых, а также в открытом море и районах действия международных договоров Российской Федерации в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов.