ВРИО руководителя филиала, к.б.н. Соколов Константин Михайлович
Заместители руководителя филиала
Ученый секретарь - Пестрикова Лариса Ивановна
Отдел международного сотрудничества
- Лаборатория морских биоресурсов
- Лаборатория биоресурсов внутренних водоемов
- Отдел инструментального обеспечения исследований
- Отдел морских млекопитающих
Центр экологического мониторинга:
- Лаборатория промысловой океанографии
- Лаборатория гидробиологии
- Лаборатория аквакультуры и болезней гидробионтов
- Лаборатория химико-аналитических исследований
Центр экспедиционных исследований:
Лаборатория нормативного обеспечения рыболовства
Группа по защите государственной тайны
Центр материально-технического обеспечения
- Эксплуатационно-технический отдел
- НЭБ Ура-губа, Варзуга, Палкина, Кислая